Eigentlich müsste man die Aprikose als Giftpflanze bezeichnen. Ihre Kerne enthalten reichlich Blausäureglykoside. Blausäure ist der Grundstoff von Zyankali. Schon das Verschlucken von einigen wenigen Kernen der bitteren Wildaprikose kann bei Kindern zu schweren Blausäurevergiftungen führen. Die süßen Kerne der zum Verzehr bestimmten Zuchtsorten dagegen sind unbedenklich.

Allerdings wird aus den Kernen und Samen auch das  fette Aprikosenkernöl gewonnen, dessen Einsatz in Kosmetika unbedenklich ist.
Sowohl süße als auch bittere Aprikosenkerne werden in Reformhäusern, Bioläden und Internet-Shops als Nahrungsergänzungsmittel verkauft und als gesundheitsfördernd beworben.

Bittere Aprikosenkerne werden in der alternativen Krebstherapie verwendet. Sie enthalten Amygdalin, das die giftige Blausäure abspaltet. Diese soll - unerwiesenerweise - Tumorzellen abtöten können. Die Substanz wurde um 1950 unter dem Namen Laetril verkauft. In Deutschland ist diese Arznei nicht mehr zugelassen.

Vom Verzehr von mehr als zwei bitteren Kernen pro Tag bei Erwachsenen wird abgeraten.

Das bayrische Staatsministerium für Umwelt, Gesundheit und Verbraucherschutz rät:
„Die Nachfrage nach Bitteren Aprikosenkernen ist gestiegen, seit in verschiedenen Medien der Verzehr als alternativmedizinische Maßnahme zur Krebsbehandlung empfohlen wurde. Diese Empfehlungen zielen auf nicht wissenschaftlich anerkannte, therapeutische Wirkungen ab und lassen die für ein Lebensmittel anzuwendenden Sicherheitsaspekte in gefährlicher Weise außer Acht."

Das aus Aprikosenkernen isolierte Amygdalin hat weder im Tierversuch noch in einer klinischen Studie mit Krebspatienten irgendeine Wirkung auf die Tumorentwicklung gezeigt.