Als Heilpflanze hat der Beifuß heute an Bedeutung verloren. Früher wurde er angewandt bei Appetitlosigkeit, Verdauungsstörungen, Magenbeschwerden und Blähungen.

Verwendet wird das getrocknete Kraut, das Bitterstoffe, Gerbstoffe und ätherisches Öl mit dem Hauptbestandteil Cineol enthält. Die Pflanze wurde auch in der Frauenheilkunde verwendet, die wirksamen Dosen liegen aber bereits im toxischen Bereich.

Heute wird der Beifuß bei uns unter der Bezeichnung Herba Artemisiae nur noch homöopathisch eingesetzt. In der traditionellen chinesischen Medizin wird er bei der Moxa-Therapie angewandt.

Als Gewürz wird der Beifuß hauptsächlich zu fetten und schweren Fleischgerichten benützt.