Der blaue Eisenhut ist die giftigste Pflanze, die in unseren Breiten wächst. Schon beim Pflücken kann es durch den Kontakt zu Hautentzündungen und schweren Vergiftungen kommen. Giftig ist die gesamte Pflanze, vor allem die Wurzeln und Samen. Seltsamerweise wird der Eisenhut trotzdem gerne als Zierpflanze in Gärten angebaut.

Die Giftwirkung entsteht durch den hohen Gehalt an Aconitin. Aconitin ist eines der stärksten Pflanzengifte. Die tödliche Dosis für einen Menschen liegt zwischen 1 und 10 mg/kg Körpergewicht. Die Vergiftungserscheinungen äußern sich in Krämpfen, Atemnot, Erbrechen, Herzversagen bis hin zu tödlicher Atemlähmung.

Deshalb werden medizinisch nur Pflanzenzubereitungen mit exakt eingestelltem Aconitinpegel angewandt. Die therapeutische Bandbreite (die Spanne zwischen den heilenden Effekten und einer Giftwirkung) ist sehr gering.

Verdünnte Tinkturen werden häufig in Fertigarzneimitteln und in der Homöopathie gebraucht. Äußerlich werden sie bei Rheuma und Neuralgien eingesetzt.

In der Homöopathie wird der Blaue Eisenhut in Potenzen von D4 bis D6 eingesetzt bei: akuten Fieberzuständen, Neuralgien, Stenocardie, Endocarditis und Pericarditis.

Verwendet werden die Wurzelknollen, von denen der Verzehr von zwei Gramm bereits tödlich sein kann.

In früher Zeit wurde die Pflanze als Pfeilgift verwendet und im Mittelalter war die Pflanze ein Bestandteil von "Hexensalben". Das durch sie herbeigeführte Hautkribbeln wurde unter dem Einfluss halluzinogener Inhaltsstoffe als Wachsen von Federn interpretiert.

Der blaue Eisenhut steht unter Naturschutz.