Die Brunnenkresse hat eine keimhemmende Wirkung, sowohl auf grampositive als auch auf gramnegative Keime und stellt so etwas wie ein natürliches Breitband-Antibiotikum dar. Die Pflanze enthält Senfölglykoside und der Presssaft der Blätter wird bei Harnwegsinfekten eingenommen. Dabei wird auch die Bildung von Magensaft und Galle angeregt.

In der Volksheilkunde galt die Brunnenkresse früher als aphrodisierend, appetitanregend, stoffwechselfördernd, harn- und wehentreibend. Außerdem sollte sie bei Diabetes mellitus helfen. Sie wurde bei Frühjahrskuren und gegen Rheuma verwendet.