Der Fenchel wird besonders in der Kinderheilkunde als schleimlösendes und auswurfförderndes Mittel verwendet. Meist wird er als Fenchelsirup, Fenchelhonig oder Fencheltee eingesetzt. Die Pflanze regt die Flimmerhäärchen der Atemwege an und wird bei Husten, Bronchitis und Asthma verordnet.

Das ätherische Öl besitzt eine anregende Wirkung auf die Darmmuskulatur.

Zur Verwendung kommt das getrocknete Kraut der Dolden. Bekannt ist außerdem die Verwendung der Samen als Gewürz, die Knollen werden auch in Salaten gegessen.