Bis heute sind knapp 400 verschiedene Arten des Krautes beschrieben, für Arzneimittel ist die Art mit dem botanischen Namen Hypericum perforatum von größter Bedeutung.

Zur äußerlichen Anwendung wird hauptsächlich das "Rotöl" zur Wundheilung und Behandlung von Prellungen, Verstauchungen und Muskelschmerzen eingesetzt. Zur Herstellung des Öls werden zerriebene Johanniskrautblüten in Olivenöl eingelegt und circa 6 Wochen in die Sonne gestellt. Im Lauf der Zeit wird der in den Blüten enthaltene rote Farbstoff Hypericin vom Öl aufgenommen.

Dem Farbstoff wird eine stimmungsaufhellende Wirkung zugesprochen, weil er die Lichtempfindlichkeit des Organismus erhöht. Dadurch wird die Produktion des "Schlafhormons" Melatonin gedämpft. Dieses Hormon wird verstärkt ausgeschüttet, wenn es dunkel wird und macht müde und schläfrig. Man hat festgestellt, dass bei Menschen, die an depressiven Verstimmungen leiden, die Melatoninproduktion auch tagsüber erhöht ist.

Ein weiterer Wirkstoff des Johanniskraut ist das ätherische Öl Hyperforin, das eine keimtötende, entzündungshemmende und beruhigende Wirkung hat.

Unerwünschte Nebenwirkung des Johanniskrauts ist eine erhöhte Photosensibilität des Körpers. Bei starker Sonneneinstrahlung können Hautrötungen und Ausschläge beobachtet werden.