Kakao wird zwar hauptsächlich als Nahrungsmittel verwendet, hat aber auch interessante medizinische Eigenschaften. Die Bohne enthält Polyphenole und Flavonoide, die antioxidativ und gefäßschützend wirken. Eine übermäßige Bildung von Blutgerinnseln wird eingedämmt und die Pflanze hat auch eine stärkende Wirkung auf das Immunsystem.

Am meisten verbreitet ist die äußerliche Anwendung in Form von Kakaobutter, mit denen Hautreizungen und Lippenrisse behandelt werden. Als sehr wirkungsvolles Mittel, um Schwangerschaftsfalten vorzubeugen, haben sich tägliche Massagen mit Kakaobutter erwiesen.

Bei besonders empfindlichen Personen können die in der Bohne enthaltenen Amine Migräneanfälle auslösen. Übermäßiger Kakaogenuss kann zu Verstopfung führen.