Die getrockneten Samen des Kürbis mit mandelartigem Geschmack werden als Mittel gegen Eingeweidewürmer verabreicht. Die Wirkung auf Spulwürmer und Bandwürmer wird dem Inhaltsstoff Cucurbitin zugeschrieben.

Die Kürbissamen oder das aus ihnen gewonnene Öl wird auch zur symptomatischen Erleichterung bei der gutartigen Prostata-Vergrößerung verwendet.

Zur Therapie stehen zahlreiche Fertigarzneimittel zur Verfügung. Es handelt sich dabei um Kürbissamen, Kürbiskernöl oder Extrakte.

Der Gartenkürbis wurde zur Arzneipflanze des Jahres 2005 gewählt.