Die Wurzel des Meerrettichs enthält Schwefelderivate, die verdauungsfördernd und entschlackend wirken. Die Pflanze enthält doppelt so viel Vitamin C als Zitronen, sowie B-Vitamine und Mineralsalze. Aufgrund seiner Schärfe ist der Meerrettich aber nicht jedermanns Sache und kann bei empfindlichen Personen auch zu Magenreizungen führen.

Die Wurzel besitzt eine starke keimtötende Wirkung und kommt als Fertigpräparat (Sirup) bei Husten und Bronchitis zum Einsatz. Die durchblutungsfördernde Wirkung des Meerrettichs wird in Präparaten zur äußerlichen Anwendung bei Rheuma ausgenutzt.

Das ätherische Öl kann bei Hautkontakt zu starken Rötungen oder Reizungen führen.