Die Frucht des tropischen Muskatnussbaums wird wegen ihrer verdauungsfördernden Eigenschaften als Gewürz verwendet. Medizinisch angewandt wird das ätherische Öl traditionell nur äußerlich bei Gelenkschmerzen, Rheuma, Sehnenentzündungen oder Muskelverletzungen. Dazu vermischt man einige Tropfen des Öls in eine Handvoll Speiseöl und verteilt es auf die betroffenen Körperpartien.

Das in der Nuss enthaltene Myristicin ist giftig und führt bei innerlicher Anwendung zu Schwindelanfällen, Kopfschmerzen und Halluzinationen.

Eine Menge zwischen 5 - 30 g kann eine halluzinogene Wirkung entwickeln. Die Inhaltsstoffe werden zu mescalin- und amphetaminähnlichen Substanzen abgebaut. Im Vordergrund stehen weniger visuelle Halluzinationen, jedoch geht das Gefühl für Zeit und Raum verloren. Nachwirkung ist meist eine Abneigung gegen den Geschmack der Nuss, so dass sie nur selten als Rauschmittel benutzt wird.

Die Rauschwirkung der Muskatnuss wird von dem ätherischen Öl Myristicin verursacht, das im Körper zu MMDA umgewandelt werden kann, ein Stoff, der chemisch mit Meskalin und Ecstasy verwandt ist. Es kann zu Halluzinationen und einem euphorischen Zustand kommen, der über mehrere Tage anhalten kann.

Von den meisten Menschen wird das Myristicin nicht in MMDA umgewandelt. Diese Personen erleben keinen Rausch, sondern nur starke körperliche Nebenwirkungen, daher hat sich die Muskatnuss als Droge nicht durchsetzen können.

Für Kinder sind Muskatnüsse sehr giftig, bereits der Verzehr von zwei Nüssen kann zum Tod führen.