Die Wurzeln des schwarzen Rettichs besitzen eine krampflösende Wirkung auf die glatte Muskulatur der Gallenwege und regen die Darmbewegung an. Sie steigern auch die Bildung von Magensaft und die Gallenproduktion. Die Förderung des Gallenflusses wirkt vorbeugend gegen die Bildung von Gallensteinen.

Die im Rettich enthaltenen Isothiocyanate zeigen im Laborversuch eine krebshemmende Wirkung, ein regelmäßiger Verzehr von Rettich könnte also der Krebsprophylaxe dienen.

Der Rettich ist ein Lieferant für die Mineralstoffe Magnesium und Selen.

Als Nebenwirkungen können allerdings bei übermäßigem Genuss Reizungen der Magenschleimhäute, Sodbrennen oder Durchfall auftreten. Die im ätherischen Öl enthaltenen Schwefelverbindungen können zu Störungen der Schilddrüsenfunktion führen.