Als Heilpflanze findet der Sauerdorn – auch Berberitze genannt – heute kaum noch Verwendung. Früher wurden die Früchte als mildes Abführmittel angewandt. Die Wurzelrinde, die bis zu 8% Alkaloide mit dem Hauptbestandteil Berberin enthält, wurde bei Leber-, Gallen- und Steinleiden sowie bei schmerzhaften Menstruationsblutungen benutzt.

Während die Früchte nicht giftig sind, kann es bei der Wurzel infolge Überdosierung zu Vergiftungserscheinungen kommen. Kleine Dosen Berberin erregen das Atemzentrum, hohe Dosierungen können unter Krämpfen zu einer tödlichen Atemlähmung führen.