Zur Anwendung kommt das ganze Kraut inklusive der Blüten. Früher wurde das Tausendgüldenkraut gegen alle möglichen Krankheiten verordnet, heute beschränkt man sich meist auf die Verwendung als Bittermittel. Die Pflanze regt die Sekretion und Peristaltik im Magen-Darm-Kanal an, wirkt verdauungsfördernd und ist in vielen Leber-, Gallen- und Magentees enthalten.

Hauptinhaltsstoffe sind die Bitterstoffe Erythaurin und Gentiopicrosid.

Nebenwirkungen sind nicht bekannt.

Die Pflanze steht unter Naturschutz.