Das ätherische Öl der Wacholderbeere hat eine starke harntreibende Wirkung, die auf den hohen Terpineolgehalt der Beere zurückzuführen ist. Wacholder wird häufig bei Entzündungen der Harnblase verordnet, oft in Kombination mit anderen harntreibenden Drogen in Fertigpräparaten, oder als Teezubereitung mit den reifen, getrockneten Beeren.

Wacholderöl findet sich als Bestandteil von Einreibungen und Salben. Die hautreizenden Eigenschaften des alpha-Pinens führen zu einer verbesserten Durchblutung. Hierbei können aber allergische Reaktionen wie Hautentzündungen mit Blasenbildung auftreten.

Wacholcherextrakte werden als Badezusatz bei muskelentspannenden Vollbädern verwendet.

Die Wacholderbeere hat auch einen festen Platz als Gewürz (z.B. bei Sauerkraut und Wildbraten) und wird bei der Herstellung von Kräuterlikören und Wacholderschnäpsen eingesetzt.

Das ätherische Öl wird durch Wasserdampfdestillation aus reifen, getrockneten Wacholderbeeren gewonnen. Hauptbestandteile sind: Die Kohlenwasserstoffe alpha-Pinen, Sabinen und Myrcen.

Eine Überdosierung führt zu Nierenschmerzen, Nierenversagen und Leberschädigung. Ferner wird die Herztätigkeit und Atmung gesteigert, es können auch Krämpfe auftreten. Die maximale Dosierung liegt bei 2 Gramm.

Bei Nierenerkrankungen und während der Schwangerschaft sollen Wacholderprodukte nicht angewandt werden.

Beim Selbersammeln besteht eine Verwechslungsgefahr mit dem giftigen Sadebaum.