Der Gundermann wurde in alten Zeiten bei Hüftschmerzen, Gelbsucht, Leberleiden und als harn- und schweißtreibendes Mittel gegen Gifte eingesetzt. Hildegard von Bingen empfahl die Verwendung der Pflanze gegen Kopf- und Ohrenschmerzen. "Kräuterheiler" benützten den Gundermann bei Abszessen, Tumoren und Augenproblemen.

Von diesen ganzen Anwendungszwecken ist heute eigentlich nur noch der Einsatz des getrockneten Krautes bei Durchfall übrig geblieben, was sich durch den hohen Gerbstoffgehalt (bis zu 7%) des Gundermanns erklären lässt. Allerdings gibt es gegen Durchfall eine Menge anderer Heilpflanzen, die wesentlich problemloser angewandt werden können, wie z.B. Blutweiderich, Brombeere, China-Rhabarber, Eiche, Heidekraut, Isländisches Moos, Jujube, Kanadisches Berufskraut, Meerträubel, Odermennig, Walderdbeere.

Der im Gundermann enthaltene Bitterstoff Glechomin ist giftig und führt bei Überdosierung vor allem bei Pferden zum Tod.

In der Traditionellen Chinesischen Medizin gilt die Pflanze als Mittel gegen Lungenentzündung und Nephritis.

Im Mittelalter wirkte der Gundermann als Heil- und Schutzzauber gegen Pest und Hexen. Diese Anwendungsgebiete sind inzwischen nicht mehr so wichtig.